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NGS&生物信息学分析

传统的获得纳米抗体序列是通过panning后挑克隆进行验证与sanger 测序,这种方法通量与克隆分析深度受到很大的限制。高通量DNA测序技术(NGS)为分析纳米抗体基因序列,特别是针对大容量,多样性高的纳米抗体库的分析提供了可能。纳米抗体只有重链,不涉及轻重链的搭配,且片段一般在400bp左右,目前的NGS测序完全能满足要求。

NBbiolab采用 Illumina MiSeq 平台进行测序,测序长度 2×300bp进行分析,对测序得到的原始数据(Raw reads)进行质量控制,数据拼接,过滤掉质量低与长度短的片段获得干净的数据(Clean reads);利用IgBlast 和IMGT 对抗体的可变进行VDJ基因定位(VDJ annotation),对纳米抗体进行丰度统计,并按照丰度自高至低排序。最后挑取序列进行基因合成,通过实验验证功能。


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